У сучасну структуру Музейного комплексу Університету увійшли декілька самостійних музеїв і музейних виставок:
- Музей історії Харківського національного університету міського господарства імені О.М. Бекетова. Засновано в 1967 році;
- Музей академіка архітектури О.М. Бекетова. Засновано в 1990 році;
- Музей українського письменника і громадського діяча Сергія Пилипенка. Засновано в 1996 році;
- Арт-виставка скульптур Міртали Пилипенко «Поезія в бронзі». Засновано в 1996 році;
- Краєзнавча експозиція «Старий Харків». Засновано в 1994 році;
- Музейна виставка «Видатні імена Університету». Засновано в 2000 році;
- Художня галерея сучасного образотворчого мистецтва. Засновано в 2003 році.
